L'objectif du parcours Modélisation des Systèmes Ecologiques (MSE) est de permettre aux étudiants de construire la maîtrise conceptuelle et pratique d' outils de modélisation au sens large (modélisation mathématique, statistique, informatique) pour répondre à une demande croissante des personnes à double compétence dans les métiers de l' écologie , sous toutes ses formes (écologie fonctionnelle, évolutive, fondamentale, appliquée, etc). Ce parcours forme ainsi des étudiants écologues qui se distinguent par leur maîtrise des méthodes quantitatives .

Sont encouragés à postuler au master MSE les étudiants qui sont intéressés par les questions liées à la biodiversité, l'écologie et l'évolution, qui sont attirés par les approches quantitatives (mathématiques, statistiques et informatiques) et qui ne rencontrent pas de difficulté majeure avec ce type d'approche.

Du fait de l'acquisition de compétences en modélisation, qui sont des compétences transférables à tout système complexe , les débouchés du master MSE sont très variés : en écologie fondamentale, en ingénierie environnementale, dans la gestion d'espaces naturels (par exemple pour l'évaluation de l'efficacité de plans de gestions), en épidémiologie ou biomédical, en agronomie, etc. Les diplômés MSE occupent typiquement des postes d'ingénieur en biostatistiques, modélisation, ou informatique, coordinateurs scientifiques ou chargés de mission. Les structures qui employent les diplômés MSE sont aussi bien publiques que privées, par exemple des bureaux d'étude en environnement, des parcs et réserves naturelles, des administrations publiques, des entreprises du domaine biomédical ou agronomique, etc.

Une proportion importante (40%) des diplômés MSE s'engagent dans la recherche, qu'elle soit publique ou privée, fondamentale ou appliquée, au travers d'un doctorat .

La première année du master MSE contient une formation générale en écologie ainsi qu'une formation aux outils communs à tous les écologues . Des UEs optionnelles viennent compléter cette première année. Il sera demandé aux étudiants MSE de suivre les UEs d' approfondissement les outils quantitatifs : 'Programmation et outils mathématiques pour l'écologie et l'évolution', 'Utilisation avancée du modèle linéaire', 'Analyse des données multivariées. La réalisation d'un stage de 2 mois est très fortement recommandée.

La second année du master MSE se concentre sur l' approfondissement des outils quantitatifs , auquel s'ajoutent des UEs de préparation à la vie active . Un stage de 5 à 6 mois, avec soutenance mi-juin ou fin août (au choix de l'étudiant) achève la formation.Il est possible de suivre la seconde année de master en alternance (aussi appelé 'apprentissage').

Les promotions sont d'environ 18 étudiants. Des rencontres sont régulièrement organisées entre les étudiants de M1, de M2 et les responsables de la formation pour s'assurer que tous les étudiants réalisent leurs études dans de bonnes conditions.